수자원공사는 댐을 건설하여 안정적으로 용수를 공급하고 이에 대한 대가로 연간 약 2,400억 원의 댐용수 사용료를 징수한다. 댐용수 사용료는 다목적댐 건설에 소요된 비용의 회수를 위해 댐 용수 사용자에게 부과되는 요금이다. 하지만 댐용수 사용료를 둘러싼 지방자치단체와 수자원공사 간의 갈등이 발생하는 등 여러 가지 문제점이 지적되고 있다.
댐용수 사용료는 댐건설비 부담액과 운영 관리비 내에서 징수하도록 관련법에서 규정하고 있으나 수자원공사는 댐건설비인 2조 6,600억 원 이상으로 징수하고 있으며 수력발전을 통한 수익도 댐건설비 부담액의 3배 이상으로 올리고 있다. 부당한 초과수익에도 불구하고 댐용수 사용료 단가를 계속 인상하여 지방자치단체의 재정 부담을 가중하고 있는 것이 갈등의 원인 중 하나이다. 하천의 유량이 풍부한 지역에 댐용수 사용료를 부과하는 것도 갈등의 원인이 되고 있다. 댐용수 사용료는 댐 저수에 대해서 부과하는데 댐건설 이전에 하천에 흐르던 유량은 이미 사용허가를 받아 모두 사용하고 있으므로 댐건설 후 하천에서 취수하는 물은 댐 저수라고 수자원공사가 주장하기 때문이다. 하지만 경기도가 한강수계를 대상으로 팔당호로 유입되는 유량의 상류댐 기여도를 평가한 결과 팔당호로 유입되는 유량 중 상류댐에서 방류된 유량은 50%에도 미치지 못하였다. 또한 댐은 안정적으로 용수를 공급하는 것을 목적으로 하고 있는데 댐 운영의 미흡으로 가뭄시에 저수량이 감소하여 안정적인 용수 공급이 이루어지지 않았음에도 수자원공사는 댐용수 사용료를 계속 징수하였다.
댐용수 사용료와 관련된 갈등의 해소를 위해서는 댐용수 사용료를 건설비와 운영 관리비 이상으로 징수하지 않도록 제도를 개선하여야 한다. 그리고 하천의 유량이 풍부함에도 댐용수 사용료를 납부해오면서 하천의 수질관리를 책임지고 있는 지방자치단체에 대해서는 댐용수 사용료를 면제할 수 있도록 제도가 개선되어야 한다. 그리고 발전수익으로 운영 관리비를 충당하여 댐용수 사용료 징수를 최소화하고 기초자치단체는 절감된 비용으로 환경 펀드를 조성한 후 기초자치단체의 노후화된 상하수도 시설에 재투자할 수 있도록 제도 개선이 필요하다.